Впервые тучи над головой Евгения Дергунова сгустились 26 мая прошлого года, когда на сессии Госсобрания республики лишились своих постов он сам (Дергунов проработал в этой должности более семи лет), министр строительства и архитектуры Евгений Терелов, министр культуры Владимир Шарапов и министр торговли и предпринимательства Владимир Руженков. «Необходимо готовиться к чемпионату мира по футболу, поэтому на места ушедших в отставку чиновников пришли хорошо подготовленные люди. Нам нужно, чтобы руководитель был не только профессионалом, но и имел желание работать», - так объяснил тогда представителям СМИ этот массовый исход из властных кабинетов глава региона Владимир Волков.
А уже в сентябре появилась информация о том, что в Следственном управлении СКР по РМ против экс-заместителя председателя регионального правительства возбуждено уголовное дело о совмещении работы на высоком государственном посту с участием в предпринимательской деятельности, что строжайше запрещено действующим российским законодательством. Ну, а достоянием широкой общественности этот факт стал 6 декабря 2016 года, когда в Нижнем Новгороде в ходе пресс-конференции полпред президента РФ в ПФО Михаил Бабич открытым текстом заявил журналистам, что Евгений Дергунов подозревается в незаконной предпринимательской деятельности и покровительстве некой частной фирме.
Некоторые подробности этого уголовного дела стали известны только теперь, после сообщения республиканской Прокуратуры о том, что дело бывшего вице-премьера Мордовии направлено в Октябрьский районный суд Саранска. Как явствует из обвинительного заключения, «обвиняемый, занимая государственную должность РМ, вопреки интересам службы из корыстной заинтересованности, в нарушение законодательного запрета создал ООО «Мордовтрансгаз» и осуществлял непосредственное руководство его деятельностью, а также управлял ООО «Металл-КБ», предоставляя им разнообразные льготы и преференции.
